O Conselho Fiscal é o órgão superior de controle econômico-financeiro orçamentário e de auditoria interna da FLEM. É constituído por 5 membros escolhidos pelo Conselho de Administração - CONAD, para um mandato de 2 anos, admitida sua recondução por igual período. O Conselho Fiscal se reune trimestralmente, em sessão ordinária e, extraordinariamente, quando convocado pelo seu Presidente, pelo CONAD, pelo Superintendente Geral da FLEM ou a requerimento da maioria dos seus membros.

Conselheiro: Sr. Adriano Tadeu Oliveira Chagas - Chefe de Gabinete da Secretaria da Fazenda do Estado da Bahia - SEFAZ
Suplente: Srª Tatiane Cezar Pereira - Assessora Especial da Secretaria da Administração do Estado da Bahia - SAEB

Conselheiro: Sr. José Bernardo Cordeiro Filho - Professor da Universidade Federal da Bahia - UFBA - Faculdade de Ciências Contábeis
Suplente: Sr. Carlos Alberto da Silva Batista - Chefe de Gabinete da Secretaria do Planejamento do Estado da Bahia - SEPLAN

Conselheiro: Sr. Cláudio Ramos Peixoto - Superintendente de Orçamento Público da Secretaria do Planejamento do Estado da Bahia - SEPLAN
Suplente: Sr. César Barbosa - Diretor de Informação e Sistematização Orçamentária da Secretaria do Planejamento do Estado da Bahia - SEPLAN

Conselheiro: Sr. Olintho José de Oliveira - Assessor Especial do Gabinete da Secretaria da Fazenda do Estado da Bahia - SEFAZ
Suplente: Sr. José Adelson Mattos Ramos - Assessor do Departamento do Tesouro da Secretaria da Fazenda do Estado da Bahia - SEFAZ

Conselheiro: Sr. Sérgio Dultra Ribas - Consultor da RIBAS - Advocacia e Consultoria
Suplente: Sr. José Pedro Paulino Souto - Consultor da Glob Juris - Consultoria e Advocacia Empresarial