O Conselho de Administração é o órgão deliberativo e de supervisão superior da FLEM. É constituído por 13 membros escolhidos pelo próprio Colegiado para um mandato de dois anos, admitida a sua recondução por igual período. O Conselho se reúne trimestralmente, em sessão ordinária e extraordinária, quando convocado pelo seu Presidente ou por requerimento de um terço de seus membros.

1. Conselheiro: Dr. Edelvino da Silva Góes Filho - VICE-PRESIDENTE
Secretário da Secretaria da Administração do Estado da Bahia - SAEB
Suplente: Dra. Gilda Maria Filgueiras Gordilho
Diretora Geral da SAEB

2. Conselheiro: Dr. Alexandre Kalil Pires
Diretor do Departamento de Articulação Institucional da Secretaria de Gestão Pública do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão - SEGEP
Suplente: Dra. Regina Luna Santos de Souza
Coordenadora Geral de Gestão por Resultados da Secretaria de Gestão Pública do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão - SEGEP

3. Conselheira: Dr. Antônio Albino Canelas Rubim
Secretário da Secretaria da Cultura - SECULT
Suplente: Dr. Rômulo de Souza Cravo
Chefe de Gabinete da Secretaria da Cultura - SECULT

4. Conselheiro: Josair dos Santos Bastos
Federação das Indústrias do Estado da Bahia - FIEB
Suplente: Alexi Pelagio Gonçalves Portela Júnior
Federação das Indústrias do Estado da Bahia - FIEB

5. Conselheiro: João Carlos Salles Pires da Silva
Reitor da Universidade Federal da Bahia - UFBA
Suplente: Paulo Cézar Miguez de Oliveira - UFBA

6. Conselheiro: Dr. Edmon Lopes Lucas
Chefe de Gabinete do Governador - Gabinete do Governador
Suplente: Dr. Herbert Drummond Frank
Sub Chefe de Gabinete do Governador - Gabinete do Governador

7. Conselheiro: Profº João Eurico Matta
Vice-Presidente do Conselho Regional de Administração - CRA
Suplente: Profª. Maria da Graça Pitiá Barreto
Professora da Universidade Federal da Bahia - UFBA

8. Conselheiro: Profº José Bites de Carvalho
Reitor da Universidade do Estado da Bahia - UNEB
Suplente: Profº Antônio José Batista de Azevedo
Universidade do Estado da Bahia - UNEB

9. Conselheiro: Dr. Luiz Antônio de Souza
Presidente da Caixa Econômica Federal - CEF
Suplente: Dr. José Anselmo Lopes Cunha
Superintendente Regional da Caixa Econômica Federal de Salvador - CEF

10. Conselheiro: Profº Manoel Joaquim Fernandes de Barros Sobrinho
Chanceler da Universidade Salvador - UNIFACS
Suplente: Profº Manoel Joaquim Fernandes de Barros
Vice?Reitor para Relações Institucionais - UNIFACS

11. Conselheiro: Dra. Maria Quitéria Mendes de Jesus
Presidente e Prefeita Cardeal da Silva - BA - União dos Municípios da Bahia - UPB
Suplente: Dr. José Bonifácio Marques Dourado
Vice-Presidente e Prefeito Ruy Barbosa - BA - União dos Municípios da Bahia - UPB

12. Conselheiro: Dr. Washington Luís Silva Couto
Secretário da Secretaria da Saúde - SESAB
Suplente: Dr. Paulo José Bastos Barbosa
Chefe de Gabinete da Secretaria da Saúde - SESAB

13. Conselheiro: Dr. Elias Nunes Dourado
Diretor Geral da Superintendência dos Desportos do Estado da Bahia - SUDESB / SETRE
Suplente: Dra. Maria Tereza Andrade
Superintendente de Desenvolvimento do Trabalho - SUDET / SETRE